Nuestro protagonista y shogun designado, Takechiyo, viaja en el tiempo y un yokai desconocido que conoció en sus sueños lo lleva hasta el Edo del futuro. Allí, tras la muerte del futuro Takechiyo, la era de paz ha llegado a su fin y el «Crucible» ha vuelto a tomar el control de Edo. Con la ayuda de un espadachín tuerto, Yagyu Jubei, y de un enviado español, Rodrigo, Takechiyo se enfrenta a otra trama más que gira en torno a las Piedras Espirituales y a un enemigo que guarda un fuerte rencor hacia el shogunato.