PigPonyPocalypse es un shooter de doble joya que gira por completo en torno a las batallas contra jefes. El juego cuenta con cuatro jefes finales sin niveles intermedios, y cada uno tiene su propia mecánica: una batalla en la oscuridad, un puente que se derrumba mientras te persigue un muro de fuego, baldosas que explotan en una secuencia que tienes que memorizar, y un jefe final con cuatro fases. Cada jefe se puede enfrentar en dos niveles de dificultad: «Forgiving» y «True Challenge», y este último añade nuevas fases y mecánicas. Las victorias registran el daño por segundo del jugador en las tablas de clasificación de Steam para cada jefe, y los logros desbloquean variantes de color para la heroína.
